La Iglesia del Monasterio de San Jerónimo es una de las iglesias renacentistas más bellas de Granada. La iglesia comenzó siendo un templo de traza gótica atribuida a Enrique Egas, pero el patronazgo de la duquesa de Sessa hizo que se convirtiera en uno de los grandes iconos del renacimiento .
Jacobo Florentino comienza las obras de la iglesia de San Jerónimo en 1526 bajo el patronazgo de Dña. María Manrique, duquesa de Sessa y Terranova, viuda del Gran Capitán. La capilla mayor de esta iglesia se convertirá en panteón de D. Gonzalo Fernández de Córdova, su esposa y algunos miembros de su familia. Tras la muerte de Jacobo, es Diego de Siloé el que se hace cargo de las obras del Monasterio de San Jerónimo hasta el año 1543.
La iglesia es de una sola nave rectangular con cruceros, donde se sitúan dos capillas colaterales con abundante decoración. Estos cruceros no salen al exterior, pues las bóvedas de crucerías, que están apoyadas sobre pilastras, cubren la nave. La planta de la iglesia se presenta en cruz latina, posee un altar tras una amplia escalinata y un coro elevado en los pies, donde sobresalen la sillería realizada por Siloé y el órgano de finales del siglo XVIII.
De su valioso patrimonio interior destaca el bello retablo de su Capilla Mayor, realizado entre 1570 y 1605, en el que se reflejan las características del Renacimiento y es de estilo manierista.
El programa iconográfico del retablo fue pensado para resaltar las grandezas militares y la heroicidad del Gran Capitán, cuyos restos se conservan en la cripta junto a su esposa, Doña María de Manrique.
La Iglesia del Monasterio de San Jerónimo pasó por varias vicisitudes, entre ellas y quizás la más grave, la destrucción de su torre por parte de las tropas napoleónicas. Con las piedras de esta torre, los franceses, construyeron el Puente Verde sobre el río Genil, que une el Paseo de la Bomba con la Avenida de Cervantes.